PHP的话可以看看这个
https://github.com/ziadoz/awesome-php
零基础可以从这个开始
http://www.codecademy.com/
学Java的话看核心编程做入门最好，两本都挺厚，看书时不用从头看到尾，先看语法，然后做课后习题，挑几道感兴趣的做就行，勤练。
网上有很多Java入门视频，尚学堂，张孝祥都可以。
说一下我自学的经验。
1. 自学PHP是在大二时，学做网站。当时没有买书，也懒得去图书馆借书就宅在家里上网搜，看的是w3school的网上教程 http://www.w3school.com.cn/ 。这个网站的优点，与建站相关内容，包括前端语言后台语言，都比较全，很基础，全中文。学完之后，对html，CSS，PHP都有了了解，但是也参加了两次我们这举办的软件大赛进行实战练习。
2. 现在在自学Objective-C，基本上主要看书，网上搜资料做辅助。看书相对于只在网上搜的优点是可以在书上做标注，技术关键点可以做笔记，所谓好记性不如烂笔头。另外，技术书的技术体系更系统，书的每一章节都是围绕每章核心技术研究的，回顾所学技术时可以直接看目录自测自己掌握水平。
3. 关于自学。自学的关键只有两个，勤奋和坚持。这个不多解释。对于自学开发技术，我认为最难办得就是搭建开发环境，Windows的开发环境相对Linux和MacOS我觉得是较繁琐的。学PHP的话需要配置httpd文件、php.ini文件，还要配置本地服务器，MySQL之类的，我觉得这是最心塞的过程，当然也可以下一键安装包快速配置环境，不过也会出各种各样的问题。最好配置的是MacOS X因为很多软件都捆绑在操作系统中了，比如Apache服务器，PHP语言，越用MacOS越喜欢，真的太有利于开发了！
4. 最后关于你所选择的语言，我想给些建议。PHP是服务器脚本语言，入门门槛低，只要配置好开发环境（Apache+PHP+MySQL）就能很快入门。不过也正因为此被黑的很厉害。Java是很好的面向对象的开发语言，开发需要很多sdk。其实我觉得学PHP更适合初学者，另外，两种语言都有功能重叠的一部分就是web开发，所以二选一就行。若是做客户端，两者选Java。不过，我觉得可以尝试学oc或者C++做客户端开发