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使用增强的 ISDra2 TnpB 系统和深度学习预测的 RNA 进行有效的基因组编辑 - Nature.com

2024-09-23 09:57:58 英文原文

摘要

转座子 (IS200/IS605) 编码的 TnpB 蛋白是 2 类 V 型 CRISPR 效应子的前身，并且已成为迄今为止发现的最紧凑的基因组编辑器之一。在这里，我们优化了耐辐射奇球菌 (ISDra2) TnpB 的设计，以应用于哺乳动物细胞 (TnpBmax)，使编辑能力平均提高 4.4 倍。此外，我们开发了 K76 位点突变的变体，可识别替代靶点相邻基序 (TAM)，从而扩大了 ISDra2 TnpB 的靶向范围。我们进一步生成了 10,211 个目标位点的 TnpBmax 编辑效率的广泛数据集。这使我们能够描绘出目标和脱靶编辑的规则，并设计一个深度学习模型，称为 TnpB 编辑效率预测器（TEEP；https://www.tnpb.app），能够预测 ISDra2 TnpB 引导 RNA（RNA) 活性具有高性能 (r

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摘要转座子 (IS200/IS605) 编码的 TnpB 蛋白是 2 类 V 型 CRISPR 效应子的前身，并且已成为迄今为止发现的最紧凑的基因组编辑器之一。为了表征单个位点（内源）的插入缺失和碱基编辑，使用了 CRISPResso2 (2.2.7)。Nature 620, 660668 (2023)。Koblan, L. W. 等人。NLS，核定位序列；BPNLS，二分NLS；SRAD，丝氨酸-精氨酸-丙氨酸-天冬氨酸；GS，甘氨酸-丝氨酸；PuroR，嘌呤霉素抗性；d、天；HTS，高通量测序；Xiang 等人 11 和 Saito 等人 12 的密码子优化和设计 (bd) ISDra2、ISAam1 和 ISYmu1 TnpB 不同架构的基准测试。n = 3 个独立的生物重复和双尾 t 检验用于计算方差。

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