Xaira Therapeutics释放最大的werturb-seq数据集以供电虚拟单元

自人工智能（AI）药物开发人员以来Xaira Therapeutics于2024年4月推出令人jaw目结出了10亿美元的承诺资本和一场星光熠熠的领导阵容，包括戴维·贝克（David Baker），博士学位，2024年的诺贝尔（Nobel约翰逊和约翰逊（Johnson＆Johnson）以及更多的领域都热切期待着同样的大片科学成果。一个 

AI独角兽已经交付了第一年，通过向虚拟细胞社区释放礼物：最大的公开可用wisturb-seq数据集称为X-Atlas/Orion，询问细胞对外部条件的反应，例如治疗干预措施。一个 

X-Atlas/Orion在公司的第一个预印本中宣布由800万个细胞组成，靶向所有人类蛋白质编码基因，每个细胞的深度测序超过16,000个唯一的分子标识符（UMIS）。预印发表在Biorxiv上并且尚未对同行进行审查。一个 尽管研究人员传统上将witrurb-seq基因敲低视为开关或开关的开关，但Xaira的方法通过检测剂量依赖性遗传效应来揭示基因活性如何随给定干预的强度而变化，从而提供了进步。

示例应用程序包括定义药物靶标会产生所需治疗作用的精确抑制百分比。一个 

Xaira同时引入了Fix-ryopreserve-scrnaseq（FICS）Perturb-Seq平台，该数据集成为了数据集，这是一种可扩展的技术，旨在大规模数据生成。一个 

为了促进虚拟细胞社区内的协作，将根据非商业许可证将X-Atlas/Orion公开向生物技术社区公开使用。Xaira愿意与表达兴趣的商业实体讨论数据合作。一个 

``当我们将类似的数据集放在其他计算研究人员的手中时，我们很高兴看到他们可以提出哪种新的模型架构和方法。Gen Edge。一个 

Xaira由首席执行官Marc Tessier-Lavigne博士和Genentech的CSO统治，在西雅图和旧金山设有网站。除了构建虚拟细胞外，该初创企业还希望设计基于蛋白质的药物。据报道，Xaira的大部分技术都是从Xaira联合创始人领导的华盛顿大学蛋白质设计研究所和2024年诺贝尔奖获得者的化学领导的。一个 

Xaira的其他联合创始人包括Biotech最大的风险投资家，Arch Venture Partners的Bob Nelsen和Preesite Labs的Vik Bajaj博士，这是一个隶属于前瞻性资本的孵化器。其他投资者包括F-Prime Capital，NEA，红杉资本，Lux Capital，Lightspeed Venture Partners，Menlo Ventures，两个Sigma Ventures和SV Angel。一个 

超越观察 

尽管传统的早期药物发现方法仅限于文献中的少数基因赌注，但高性能的虚拟细胞模型可能会在发现管道中出现在发生之前去降低风险的不良生物学作用。一个 

许多虚拟细胞模型都经过观察数据的培训，例如CZ细胞偶然来自Chan Zuckerberg倡议（CZI），主要由健康的人类捐助者汲取。虽然观察数据对于某些生物学研究任务（例如细胞类型注释）具有强大的功能，但它们在预测细胞对扰动的反应（例如用药物治疗）的反应方面缺乏。一个 

在扰动式seq中，由于单细胞数据集的随机性和稀疏性，测量基因敲低效率在历史上一直具有挑战性。为了解决这一差距，Xaira研究人员证明了单个指南RNA（SGRNA）的丰度是被检测到并以每个细胞的数百份副本（单细胞测量之间的稀有性）进行检测和表达，并为基因被抑制的强烈抑制提供了可靠的代理。一个 

Xaira将利用X-ATLAS/Orion的扰动信息与公司最新的雇用Bo Wang，PhD，博士，建立自己的虚拟单元模型高级副总裁兼生物医学AI负责人，他于4月加入了该团队。王是多伦多大学的著名的AI专家，被称为SCGPT的发明者这是具有下游功能的单细胞多媒体的基础模型，包括细胞类型注释，扰动响应预测和基因网络推断。一个 

Xaira是建立虚拟单元的众多实体之一。四月份，Czi发行了转录形式，一种生成的AI模型，可探测具有治疗应用的物种跨物种的细胞生物学，例如询问人类和模型生物之间的翻译特性。同时，来自ARC Institute宣布与10倍基因组学和Ultima基因组学合作构建ARC虚拟单元格。一个 

长期旅程一个 

基因组规模实验X-ATLAS/Orion的大小可能是非常耗时的。简单地排序以富集高质量的细胞可能需要超过10个小时。通过释放X-ATLAS/Orion的方法，Xaira的目标是允许更多的实验室在大，高质量和标准化的规模上生成worturb-seq数据。单个实验室还将能够通过大规模数据测试特定的假设。一个 

Chu说，弄清楚哪种类型的数据对于建立生物学的基础模型最有用需要集体思考。X-Atlas/Orion是现有的公共存储库的单元数据，例如ARC InstituteScbasecount，，，，支持虚拟单元格之间的协作。一个 

我们在AI驱动的虚拟细胞的早期。Chu在接受采访时强调了整个社区的长期旅程Gen Edge。一个 

艾玛·伦德伯格（Emma Lundberg）博士，斯坦福大学副教授，基于斯德哥尔摩KTH皇家理工学院的人类蛋白质图集的联合主任告诉Gen Edge她是开放科学的坚信，很高兴看到Xaira公开发布了一个大型的wisturb-seq数据集。她强调，世界各地的群体正在尝试建立能够模拟细胞行为的AI驱动的虚拟细胞模型。

Lundberg说：“要构建任何系统的强大模型，扰动数据至关重要，并且发布的X-ATLAS/Orion数据集标志着对科学界的重要贡献。”一个 

Hani Goodarzi，PhD，核心研究员和计算技术中心研究主管，ARC Institute，同意利用虚拟细胞的全部潜力需要在没有单个组织可以单独产生的尺度上进行扰动数据。 一个 Goodarzi告诉``令人鼓舞的是技术前进的公司为巨型规模和千古规模的数据生成建立平台，并使这些资源公开可用。

Gen Edge。该数据集为整个社区的培训基础模型提供了大量资源。一个 Goodarzi还指出，下一个挑战是构建可以推广到超出两种癌细胞系的AI模型

X-Atlas/Orion预印本。楚说，沿着这种脉络，该团队正在努力将数据生成扩展到诱导的多能干细胞（IPSC）和体内型号。一个 楚说，他已经从事功能基因组学工作了一段时间，但是缩小较小规模的作用绝非易事。一个 

他说，我很高兴团队为使这一真正可扩展的过程做出工业化的工作化。”他说。我可以等待看到人们会做什么，无论是在人工智能方面还是在假设的一面。

我相信这也会激发我们自己的工作。一个